Тогда только одна из тех двух причин, что я уже указал. Если прошивка для 16MHz, то кристал должен быть ровно 16MHz. Если есть стандартный MIDI port на компьютере, то можно еще попробовать через него для проверки.
Я сомневаюсь, что дело в прошивке. Скорее всего проблема в соединении Atmega->PIC18F2550. Можете одолжить каку-нибудь клаву или drum machine с MIDI IN, чтобы проверить Атмегу по стандартному MIDI?
Кто знает, всё может быть. Попробую у ребят клавиши взять мидишные. А соединение на самом деле в порядке. Digital board делал по Вашему чертежу. Аналоговую сам разводил под смд диоды.